Как ввести подстановочные знаки в заголовок отчета - PullRequest
Новая
       6

Как ввести подстановочные знаки в заголовок отчета

1 голос
/ 15 января 2020

Я использую snakemake --report (v5.9.1) для создания. html отчетов для конвейера / результатов. Однако я не могу использовать подстановочные знаки в параметре caption report().

. Вот краткий пример, который работает без использования подстановочных знаков в caption

rule all:
     input: expand("doit.{role}", role=["founder","offspring"])
rule doit:
      output: report(touch("doit.{role}"),caption="doit.rst")
      run: print(output[0])

Теперь, что я хочу / нужен отдельный заголовок для founder и offspring. Я пытался просто добавить подстановочный знак {role} к caption: 

      output: report(touch("doit.{role}"),caption="doit.{role}.rst")

, но это выдает ошибку 

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'sandBox/doit.{role}.rst'

, но только при генерации hmtl-файл, запустив snakemake --report. (Запуск конвейера в порядке).

Кажется, что output подстановочные знаки не оцениваются / подставляются при разборе caption.

Я использую функцию заголовка для отображения коротких результатов, а также упорядочение результатов в отчете. html. (относится к отчету Snakemake: как отображать результаты в порядке конвейера ).

Может кто-нибудь предложить обходной путь или лучший шаблон для того, что я пытаюсь сделать?

...