Я получил аналогичные результаты, когда мой набор данных был слишком мал.
AutoML использует 10-кратную перекрестную проверку, если я правильно помню. Это может привести к тому, что набор тестовых данных будет слишком маленьким, чтобы извлечь из него какие-либо пригодные для использования метрики.
Так что, если ваш набор данных небольшой, вы можете попробовать использовать больший набор и посмотреть, получит ли он лучшие показатели, по крайней мере исключить этот случай.