Вы можете попробовать:
Start "" "%PROGRAMFILES%\Git\bin\bash.exe" -c "cd /e; git clone SshLink; bash"
Это откроет bash, go для диска E и попробует git clone
Финальный bash
позволяет сеансу не закрывается сразу.
Другой вариант, как упомянуто в комментариях от Compo :
Start /d E:\ "%ProgramFiles%\Git\bin\bash.exe" -c "git clone SshLink; bash"
Это будет использовать /d
опция start
.