проблема при попытке заменить параметры в файле lua - PullRequest
Новая
       29

проблема при попытке заменить параметры в файле lua

1 голос
/ 29 марта 2020

Я никогда ранее не работал с lua программированием, но мне нужно запустить пакет, написанный на lua языке. Этот пакет является интерфейсом командной строки linux, и мне не нужно знать lua программирование. В этом пакете мне нужно только заменить некоторые адреса в lua файлах своим собственным адресом и набором данных или именами файлов, чтобы иметь возможность запускать программу. Но я столкнулся с проблемой при запуске файла lua. В этом файле я заменил следующий фрагмент кода: 

dofile 'Csv.lua'

local proteinFile = Csv(opt.dataset..".node","r")
local proteinString = proteinFile:readall()

ppFeature = {}
pNumber = {}

for i=1, #proteinString do

local fileName = opt.dataset..'/'..proteinString[i][1]

if file_exists( fileName ) then

local proFile = Csv( fileName, 'r', '\t')
local profile = proFile:readall()

на этот: 

dofile 'Csv.lua'

local proteinFile = Csv("/storage/users/ssalmanian/DPPI/myTrain.node","r")
local proteinString = proteinFile:readall()

ppFeature = {}
pNumber = {}

for i=1, #proteinString do

local fileName = '/storage/users/ssalmanian/DPPI/myTrain/proteinString[i][1]'

if file_exists( fileName ) then

local proFile = Csv( fileName, 'r', '\t')
local profile = proFile:readall()

и получил ошибку. Необходимые входные файлы перед запуском команды включают файл и папку с именами, совпадающими с параметром -dataset:

A) Суффиксом файла является «.node» (myTrain.node). Этот файл имеет один столбец, который содержит имена всех белков.

B) Папка профиля с тем же именем, что и -dataset (myTrain). Эта папка содержит профили всех белков.

Имя профилей внутри этой папки совпадает с именами белков в файле .node.

Мне было интересно, если кто-нибудь может сообщить мне, что с ним не так и какой кусок код должен быть заменен следующим: 

local fileName = opt.dataset..'/'..proteinString[i][1]

Спасибо.

РЕДАКТИРОВАТЬ:

Пакет DPPI пакет, и я попытался запустить creat_crop. lua код для создания двух файлов myTrain_profile_crop_512.t7 и myTrain_number_crop_512.t7 с использованием следующей команды на сервере CUDA: 

th creat_crop.lua -dataset myTrain

Этот код creat_crop. lua зависит от вызова Csv. lua код и нуждается в файле myTrain.node и папке myTrain. Здесь я добавил свою страницу WinSCP WinSCP page и ошибку, которую я получаю Error message.

...