Разобрался. Проблема в том, что я пытался сделать длинный верх, внешнюю часть и нижнюю часть одним лицом. Вершины, где центральная секция встречалась с внутренней частью внешней части конструкции, перекрывались краем от единственной длинной грани. Вместо этого я добавил вершины (точки красного цвета) в этом месте, вверху и в обоих местах на зеркальной стороне фигуры. После этого я воссоздал грани между новыми вершинами, проверил наличие вершин многообразия и не получил ни одной. 