Pheatmap - Аннотация: ошибка нижнего индекса - PullRequest
Новая
       35

Pheatmap - Аннотация: ошибка нижнего индекса

0 голосов
/ 11 февраля 2020

Тест RData : https://www.dropbox.com/s/hy56owg4mfjuxol/Test_Data.RData?dl=0

CSV : https://www.dropbox.com/s/hs6qpoxyg54ehid/Test_Data.csv?dl=0

Аннотации: https://www.dropbox.com/s/akv66euwh3ulia2/Test_Data_Annotation?dl=0

Построение этого набора данных выполняется в соответствии с ожиданиями: 

pheatmap(t(pred.MDSC), fontsize=8)

enter image description here

Однако, если я затем попытаюсь добавить к нему аннотацию (используя anno DF в файле): 

pheatmap(t(pred.MDSC),fontsize=8,labels_col = rownames(anno), show_colnames = TRUE, annotation_col = anno)

Возвращает ошибку: 

Error in annotation_colors[[colnames(annotation)[i]]] : 
  subscript out of bounds

Что такое Я делаю не так?

1 Ответ

0 голосов
/ 11 февраля 2020

Чтобы решить эту проблему, вы можете сначала перенести свои данные, чтобы повторяющиеся имена строк стали именами столбцов. Затем прочитайте файл как 

df <- read.csv("Test_Data.csv", row.names = 1)

pheatmap(df, fontsize=8)

, что дает вам enter image description here

Вы можете получить данные, используемые для построения графика здесь https://www.dropbox.com/s/vco1rd5uelyoui9/Test_Data.csv?dl=0

...