Как заставить метки строк фиксированной ширины и выровнять в pheatmap в R? - PullRequest
Новая
       61

Как заставить метки строк фиксированной ширины и выровнять в pheatmap в R?

0 голосов
/ 22 февраля 2020

Обычно нет проблем с отображением меток строк в pheatmap в R. Однако, посмотрите, у меня есть немного сложные метки строк, которые представляют собой строки, которые объединяют заголовок одной строки и конец другой строки. Например, «AB C**** 123».

Вот пример и мой код: 

library(pheatmap)
library(stringr)

# create an example
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

# make random pvalue to show at the end of rownames
random.pvalue <- formatC(runif(n = 20,min = 0.0000000000001,max = 0.00000000001),format = "e",
                         digits = 2)

# creat new rownames with fixed width
add.label <- paste0(str_pad(rownames(test),
                    width=12, 
                    side="right"),
                    random.pvalue)

rownames(test) <- add.label # update rownames
# Draw heatmaps
pheatmap(test) # you could see the pvalues are not aligned

Поверьте мне, я заставил эти метки строк фиксированной ширины используя формат C () и str_pad () в R. Однако, когда я использовал pheatmap с этими метками строк, метки не показывались, как я думал, они выглядели следующим образом, и вы можете ясно видеть, что метки строк не выровнены, даже если они имеют одинаковую ширину строки. 

 [1] "Gene1       7.77e-12" "Gene2       2.67e-12" "Gene3       8.67e-12" "Gene4       6.61e-12"
 [5] "Gene5       2.36e-12" "Gene6       3.09e-12" "Gene7       5.44e-12" "Gene8       3.18e-13"
 [9] "Gene9       1.34e-12" "Gene10      4.52e-12" "Gene11      2.03e-12" "Gene12      5.31e-12"
[13] "Gene13      9.66e-12" "Gene14      9.02e-12" "Gene15      2.91e-13" "Gene16      7.37e-13"
[17] "Gene17      7.95e-12" "Gene18      8.04e-12" "Gene19      8.31e-12" "Gene20      9.94e-12"

Может быть, кто-нибудь мог бы использовать простой пример, чтобы научить меня, как это исправить.

Большое спасибо дополнительно!

enter image description here

1 Ответ

1 голос
/ 23 февраля 2020

Вы можете использовать фиксированный шрифт (не пропорциональный): 

library(pheatmap)
library(grid)
library(stringr)
mat <- mtcars[1:10,1:6]
rn <- stringr::str_pad(rownames(mat), max(nchar(rownames(mat))), side = "right")
p <- signif(1e-9*mat[,4], digits = 4)
pheatmap::pheatmap(as.matrix(mtcars[1:10,1:6]), scale="column", 
    labels_row=paste(rn, p, sep="    "), fontfamily = "mono")

...