Посмотрите на пример на spring-data-mongodb здесь
Посмотрите на этот метод специально
Person findByShippingAddresses(Address address);
shippingAddress определен как
private Set<Address> shippingAddresses;
Личный класс. Что означает, что это работает и для List.
В вашем случае такой метод должен работать
findByBarIds(ObjectId barId)