Это субъективно. У меня есть Анаконда, но только по необходимости. Я считаю, что это ненадежно время от времени. Я использую virtualenv для своих проектов, и у меня никогда не было с ними проблем. Они надежны, и я не видел необходимости прыгать с корабля на причуду.
Мой совет - экспериментировать, но если вам нужно что-то для надежной работы, virtualenv - сильный соперник. Старая поговорка приходит на ум, если она не сломана, не чините ее.