Эта схема должна работать нормально, если переменные оболочки и среды настроены правильно.
Если вы попытаетесь активировать Pipenv без активной среды Conda «Pip-pip», у вас может возникнуть поломка или другое непредсказуемое поведение, поскольку Pipenv был установлен с одним Python и запускается с другим. Степень поломки зависит от деталей реализации Pipenv.
Как правило, должна быть возможность произвольно вкладывать такие программы "среды", если они хорошо спроектированы и если вы активируете цепочку сред в том порядке, в котором они были изначально установлены. Будет ли это негативно влиять на ваш опыт, зависит от вашей терпимости к раздражению.
Однако Pipenv по умолчанию создает виртуальные среды в глобальном местоположении. Я не уверен, что это за местоположение, но возможно, что в итоге вы могли бы установить среды Pipenv, установленные рядом друг с другом, которые зависят от разных версий Python. Я думаю, это может означать "побочный эффект" в смысле вашего вопроса.