Как правильно получить R sessionInfo () из python скрипт с API Rpy2? - PullRequest
Новая
       11

Как правильно получить R sessionInfo () из python скрипт с API Rpy2?

1 голос
/ 20 апреля 2020

Я пытаюсь получить R sessioninfo () с помощью rpy2 в python сценарии, причина в том, что я собираюсь сделать вызов API из python в пользовательскую библиотеку R. Основное, что я хочу попробовать - это получить текущую R sessioninfo () с помощью простого python сценария.

моя попытка :

Вот попытка, которую я попытался выполнить, следуя этой SO записи : 

import rpy2.robjects as robjects
import os

os.environ['R_HOME'] = "C:/PROGRA~1/R/R-36~1.3"
robjects.r('''
       source('myfunc.r')
''')

myfunc = function(){
  return(sessionInfo())
}

Я получил R_HOME, используя Sys.getenv('R_HOME') или R.home() в R studio.

новая обновленная попытка :

, основанная на предложении @Parfait, я также попробовал этот способ : 

pip install .\rpy2-2.9.5-cp37-cp37m-win_amd64.whl

import os
os.environ['PYTHONHOME'] = r"C:\Users\mia\AppData\Local\Programs\Python\Python37"
os.environ['PYTHONPATH'] = r'C:\Users\mia\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages'
os.environ['R_HOME'] = r'C:\Program Files\R\R-3.6.3'
os.environ['R_USER'] = r'C:\Users\mia\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages\rpy2'

# importing rpy2
import rpy2
import rpy2.robjects as robjects

# test : evaluating R code
robjects.r('''
        # create a function `f`
        f <- function(r, verbose=FALSE) {
            if (verbose) {
                cat("I am calling f().\n")
            }
            2 * pi * r
        }
        ''')

r_f = robjects.r['f']
res = r_f(3)
print(res[0])

но теперь я получаю еще одну ошибку: 

>     ---------------------------------------------------------------
>         OSError                       Traceback (most recent call last)
>         <ipython-input-27-b5597ba1add5> in <module>
>               1 import rpy2
>         ----> 2 import rpy2.robjects as robjects
>               3 import itertools
>               4 from datetime import datetime
>               5 import rpy2.rinterface as rinterface
>         
>         c:\users\mia\appdata\local\programs\python\python37\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py
> in <module>
>              14 import itertools
>              15 from datetime import datetime
>         ---> 16 import rpy2.rinterface as rinterface
>              17 import rpy2.rlike.container as rlc
>              18 
>         
>         c:\users\mia\appdata\local\programs\python\python37\lib\site-packages\rpy2\rinterface\__init__.py
> in <module>
>              44 
>              45 if sys.platform == 'win32':
>         ---> 46     _load_r_dll(R_HOME)
>              47 
>              48 # cleanup the namespace
>         
>         c:\users\mia\appdata\local\programs\python\python37\lib\site-packages\rpy2\rinterface\__init__.py
> in _load_r_dll(r_home)
>              28     if r_bin not in os.environ.get('PATH'):
>              29         os.environ['PATH'] = ';'.join((os.environ.get('PATH'), r_bin, r_mod))
>         ---> 30     ctypes.CDLL(r_dll)
>              31 
>              32 R_HOME = get_r_home()
>         
>         c:\users\mia\appdata\local\programs\python\python37\lib\ctypes\__init__.py
> in __init__(self, name, mode, handle, use_errno, use_last_error)
>             362 
>             363         if handle is None:
>         --> 364             self._handle = _dlopen(self._name, mode)
>             365         else:
>             366             self._handle = handle
>         
>         OSError: [WinError 126] The specified module could not be found

теперь я могу импортировать rpy2 также могу импортировать rpy2.robjects, но не могу получить R sessionInfo ( ) правильно. есть еще мысли? спасибо

желаемый вывод :

Я просто хочу распечатать R sessionInfo () в jupyternotebook или python скрипт, используя rpy2? любое решение, чтобы это произошло? Какие-нибудь мысли? большое спасибо

1 Ответ

1 голос
/ 25 апреля 2020

Я столкнулся с той же проблемой на моей машине windows, у вас возникла эта проблема, потому что вы не добавили путь R к системным переменным. Вы должны сделать следующее:

открыть Control Panel\System and Security\System, открыть Environment Variables, найти System Variables, затем выбрать Path, чтобы добавить C:\Program Files\R\R-3.3.2\bin\x64 к своим системным переменным. Убедитесь, что вы установили rpy2 с веб-сайта uci , скачали rpy2.whl, затем pip install rpy2.xx.xx.whl

Затем выполните эту настройку в вашем python сценарии: 

import os


os.environ['PYTHONHOME'] = r"C:\Users\me\AppData\Local\Programs\Python\Python37"
os.environ['PYTHONPATH'] = r"C:\Users\me\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages"
os.environ['R_HOME'] = r"C:\Program Files\R\R-3.3.2"
os.environ['R_USER'] = r"C:\Users\me\AppData\Local\Programs\Python\Python37\Lib\site-packages\rpy2"

import rpy2
import rpy2.robjects as robjects

pi = robjects.r['pi']
print(pi)

эта проблема может решить вашу проблему прямо сейчас.

...