Построение задачи bootstrap таблица с bootMer - PullRequest
Новая
       69

Построение задачи bootstrap таблица с bootMer

0 голосов
/ 30 марта 2020

Я пытаюсь сравнить значения p, полученные из простой модели, с значениями, полученными в bootstrap модели 1000 раз. Я использую этот скрипт для создания таблицы, в которой сравниваются оба значения p.

Dataframe 

 Viable     : num  2 4 3 4 3 5 6 4 3 5 ...
 Inv.eggs   : num  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
 FemaleMorph: Factor w/ 3 levels "o","w","y": 1 3 2 1 3 1
 Loc2       : Factor w/ 13 levels "ang","caos","cor",..: 5 2 7 5 4 12 1 2 5 1 
 Hib        : Factor w/ 2 levels "n","y": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
 MaleMorph  : Factor w/ 3 levels "o","w","y": 2 2 2 2 2 3 3 3 2 2 
 Tank       : Factor w/ 44 levels "11","12","13",..: 1 1 1 2 2 4 4 4 5
Модель 
      q<- glmer ((cbind(Viable, Inv.eggs))~ FemaleMorph*MaleMorph + (1|Tank) + (1|Loc2) + (1|Hib), 
      family = binomial(link=logit), control = glmerControl(optimizer = "bobyqa"), nAGQ = 1, data 
      =femh)

Bootstrap

      mcmc.fixed <- bootMer(modelo, FUN=fixef, nsim=10000, type="parametric", seed=7)

Таблица построения 

          coef.mcmc.fixed <- as.data.frame(mcmc.fixed$t)
          tabla <- describe(coef.mcmc.fixed)[,c(1:4,11:12)]
          colnames(tabla)[4] <- "Std.Error"
          tabla$Zeta <- tabla$mean / tabla$Std.Error
          tabla$p_boot <- round(2*pnorm(abs(tabla$Zeta), lower.tail=FALSE), 5)
          tabla$coeficiente.modelo <- round(fixef(modelo), 5)

Ожидаемый результат 

    #             vars     n     mean Std.Error     skew kurtosis     Zeta  p_boot coeficiente.modelo
    # (Intercept)    1 10000  0.28928   0.24867 -0.13655  0.09752  1.16332 0.24470            0.29545
    # FemaleMorph  2 10000 -0.30196   0.12583 -0.10247  0.34323 -2.39970 0.01641           -0.30162
    # Male Morph   3 10000  0.34412   0.13349  0.06286  0.38046  2.57781 0.00994            0.33989
    ....etc

Тем не менее, я получаю эту ошибку после запуска 

        colnames(tabla)[4] <- "Std.Error"

         Error in `colnames<-`(`*tmp*`, value = c(NA, NA, NA, "Std.Error")) : 
         attempt to set 'colnames' on an object with less than two dimensions

Однако я вижу, что bootstrap имеет бежать успешно. 

      Bootstrap Statistics :
           original      bias    std. error
      t1*  2.25325009 -0.02439479   1.1106191
      t2*  0.05979407 -0.20691196   0.3396122
      t3*  0.72306742  0.42105531   0.8072617
      t4* -0.25323115 -0.09219175   0.3355131
      t5*  0.50053312  0.02600572   0.6650633
      t6*  0.60163979  0.29389016   0.4543495
      t7*  0.10173082 -0.40980241   0.9146052
      t8* -0.54796043 -0.24029736   1.1791720
      t9*  0.51775754  0.53686284   1.5800434

Я знаю, что это может быть очень простой проблемой, но я не могу решить ее самостоятельно. Пожалуйста, кто-нибудь может помочь мне решить проблему и устранить ошибку в имени?

...