Включить дополнительный R pkg в пользовательский образ записной книжки JupyterHub? - PullRequest
Новая
       49

Включить дополнительный R pkg в пользовательский образ записной книжки JupyterHub?

0 голосов
/ 20 апреля 2020

Я настраиваю среду ноутбука пользователя примерно так (установка пользовательских python пакетов) 

FROM jupyter/minimal-notebook:177037d09156
# Get the latest image tag at:
# https://hub.docker.com/r/jupyter/minimal-notebook/tags/
# Inspect the Dockerfile at:
# https://github.com/jupyter/docker-stacks/tree/master/minimal-notebook/Dockerfile

# install additional package...
RUN pip install --no-cache-dir astropy

Как я могу установить пользовательские пакеты R? В частности, я хочу установить:

  • сетчатый
  • мвтнорм
  • gdata
  • matrixcal c
  • gtools
  • mpoly
  • моменты

Они доступны в CRAN

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 21 апреля 2020

Если вы хотите использовать пакеты R и ноутбук Jupyter, я бы предложил использовать jupyter/r-notebook в качестве базового образа. Чтобы установить пакеты R впоследствии, установите их с conda. 

FROM jupyter/r-notebook
RUN conda install --yes \
        r-reticulate r-mvtnorm r-gdata r-matrixcalc \
        r-gtools r-mpoly r-moments \
    && conda clean --all --yes
0 голосов
/ 24 апреля 2020

Я смог установить его (используя jupyter/minimal-notebook в качестве базового образа вместо jupyter/r-notebook), вот так: 

FROM jupyter/minimal-notebook:177037d09156
# Get the latest image tag at:
# https://hub.docker.com/r/jupyter/minimal-notebook/tags/
# Inspect the Dockerfile at:
# https://github.com/jupyter/docker-stacks/tree/master/minimal-notebook/Dockerfile

RUN R -e 'install.packages("gtools", repos = "http://cran.us.r-project.org")'
RUN R -e 'install.packages("gdata", repos = "http://cran.us.r-project.org")'
RUN R -e 'install.packages("reticulate", repos = "http://cran.us.r-project.org")'
RUN R -e 'install.packages("matrixcalc", repos = "http://cran.us.r-project.org")'
...