"ab c" не будет работать в вашем примере. Просто потому, что у вас нет пробела перед «ab c» и только после.
Одна вещь, которую вы можете попробовать, - это сделать две замены подряд, убрав сначала «AG», а затем «ab c ".
vtext <- c("abc AG zoo", "abc foo", "abc bar")
sub(" abc ", "", vtext) #don't work
# [1] "abc AG zoo" "abc foo" "abc bar"
sub("abc ", "", vtext) #works
# [1] "AG zoo" "foo" "bar"
# So you can have somthing like
sub("abc ", "", sub("AG ", "", vtext))
#[1] "zoo" "foo" "bar"