При установленной на Anaconda python, sys.prefix не установлен на префикс по умолчанию *1003*, а на <conda_install_prefix>, который определяется при установке.
Этот <conda_install_prefix> не является устанавливается с использованием исправления site.py (или эквивалентных файлов), поскольку при перемещении исполняемого файла python из <conda_install_prefix>/bin/ (в месте, где он не имеет доступа к <conda_install_prefix>), он по-прежнему отображается в выходных данных python -m site
Первая интуиция: это прямо устанавливается в исполняемом файле python установщиком conda (как если бы исполняемый файл python был скомпилирован с установленным параметром --prefix), так как мы можем найти <conda_install_prefix> в python исполняемом файле (strings python | grep <conda_install_prefix>).
(Тогда как это сделать?)