Проблема с добавлением цитирования bibtex в документ EML в R - PullRequest
Новая
       130

Проблема с добавлением цитирования bibtex в документ EML в R

0 голосов
/ 31 марта 2020

Я успешно создал документ экологических метаданных с использованием пакета EML в R. Теперь я пытаюсь добавить информацию о цитировании (в конце и то, как должен цитироваться документ, и список литературы, использованной для создания набора данных): используя документ bibtex, экспортированный из Zotero, но изо всех сил. На данный момент я прочитал информацию о цитировании в R, используя пакет bibtex, и это, кажется, работает. 

citation <- bibtex::read.bib("test_citation.bib")

цитата [[1]] Бейкер Э, Rycroft S, Смит VS (2014). «Связывание нескольких информационных платформ по биоразнообразию с Дарвиновыми архивами». Журнал данных о биоразнообразии . ISSN 1314-2836, doi: 10.3897 / BDJ.2.e1039 (URL: https://doi.org/10.3897/BDJ.2.e1039), https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3964728/>.

Я испробовал все возможные варианты того, как и где добавить информацию о цитировании в документ. Вот один пример, где мне удалось создать проверенный eml: 

> my_eml <- eml$eml(
+   packageId = uuid::UUIDgenerate(),  
+   system = "uuid",
+   dataset = eml$dataset(
+     title = "Karplant og lav i skog GAD B09 dataset", 
+     creator = rune,
+     associatedParty = associatedParty,
+     pubDate = "2020-02-02", 
+     language = "NO",
+     metadataProvider = harald,
+     intellectualRights = "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.no", 
+     abstract = abstract,
+     keywordSet = keywordSet,
+     coverage = coverage,
+     contact = rune,
+     methods = methods,
+     dataTable = dataTable),
+    additionalMetadata = list(metadata = list(unitList = unitList),list(literatureCited=list(bibtex=citation)))
+ )

Однако, когда я пытаюсь написать это с write_eml 

write_eml(my_eml, "GAD_B09skog_metadata_example.xml")

, я получаю ошибку «Ошибка : C использование стека 15923616 слишком близко к пределу ".

Я думаю, что 1) Я использую неправильный синтаксис или добавляю цитату в неправильное место в документе xml. 2) Возможно, есть проблема с экранированием некоторых символов в документе bibtex, но я не знаком с экранированием и, если возможно, сделать это в R или какой другой инструмент я должен использовать для этого при необходимости. Любой возможный пример кода или указатели относительно того, с чего начать, приветствуются!

...