Если вы пользуетесь хостингом в IIS, вы должны использовать метод «LoaderOptimization (LoaderOptimization.MultiDomainHost)» по умолчанию, и, кажется, нет способа изменить это, что я могу найти. Если вы хотите применить что-то еще, вам, возможно, придется свернуть свой собственный хост (не так уж сложно для WCF, но, конечно, не так удобно или многофункционально, как хостинг IIS).
Однако, это должно загрузить все сборки как независимые от домена - так что это, вероятно, то, что вы уже хотите. Убедитесь, что вы не используете Assembly.LoadFrom (), так как это не позволяет доменам приложений совместно использовать код JITed.