Для справки: https://serverfault.com/questions/503721/replacing-dll-files-while-the-application-is-running
В основном та же проблема, что и у этого парня, но в Win Server 2012 и с последним обновлением вы не можете просто переименовать файлы, когда они используются , Я мог бы решить это с помощью сторонних программ, но должен быть какой-то другой путь (например, с изменениями реестра?).