Запуск RMarkdown с PHP

Question

Я пытаюсь запустить RMarkdown из PHP с помощью команды exe c () . При попытке связать мой файл .Rmd я получаю следующую ошибку:

Execution haltedArray ( 
[0] => Error in with_pandoc_safe_environment(system(paste(shQuote(path), "--version"), : 
[1] => The 'HOME' environment variable must be set before running Pandoc. 
[2] => Calls: <Anonymous> ... FUN -> get_pandoc_version -> with_pandoc_safe_environment 
[3] => Execution halted )

Команда Rscript -e "rmarkdown::render('path/to/file.Rmd')" отлично работает в командной строке.

Answer 1

Там прямо сказано, что не так: ему нужно установить HOME env var. Не знаю, какая у вас среда, но вы можете узнать ее значение в оболочке, где команда работает так, как задумано:

echo $HOME

Затем добавьте это значение к вашему вызову exec():

exec("HOME=/the/path/you/got/before $theRMarkdownCommandYouNeed")

Или вам может понадобиться другой путь, указанный c для пользователя, под которым PHP работает.

Answer 2

Ответ должен был установить HOME в /etc/R/Renviron.