Более широкий вопрос, который меня интересует, заключается в том, как по-разному интерпретировать ПЕРМАНОВУ в таблице численности видов и в зависимости от матрицы расстояний (я использую bray-curtis).
В документации R по Функция adonis (https://rdrr.io/rforge/vegan/man/adonis.html), одна подсказка, которую я обнаружил, состоит в том, что они упоминают, что одно отличие состоит в том, что «видовые коэффициенты» не могут быть рассчитаны по матрице расстояний.
Мои вопросы:
- Что такое "видовые коэффициенты"?
- Как их получить?
Пример: ниже приведены команды и вывод, который я получаю (используя пример в документации). Они упоминают, что коэффициенты должны показывать источники изменений в виде строк, а виды - в качестве заголовков столбцов, а столбцы - в соответствии с линейной моделью. Я не вижу его в выводе, как я могу получить это? Как вы интерпретируете эти коэффициенты?
Команды:
data(dune)
data(dune.env)
adonis(dune ~ Management*A1, data=dune.env, permutations=99)
Бонусный вопрос: есть ли у вас другие способы объяснить, почему Вы бы выполнили ПЕРМАНОВУ на матрице расстояний, а не на таблице численности видов?