Вы можете определенно вызвать API FCM для отправки сообщений из экземпляра GCE. Фактически, поскольку это простой HTTP API, вы можете вызывать его практически из любой среды.
Конечно, в этом случае вы будете использовать Firebase, например: вам нужно будет создать проект в Firebase. консоль (или присоединить Firebase к существующему проекту Google Cloud), чтобы получить необходимые ключи для отправки сообщения.
А вашим клиентам потребуется использовать SDK Firebase Cloud Messaging для получения этих сообщений.