Вы делаете это правильно, но назначаете действительно крошечные размеры.
Давайте сначала нарисуем график со свойствами по умолчанию, который имеет размер точки 12.
import igraph
g = igraph.Graph([(0, 1), (0, 2), (1, 2)])
g.vs["label"] = [1, 2, 3]
g.es["label"] = "edge"
layout = g.layout("fr")
igraph.plot(g, "graph_default.png", layout = layout, bbox=(200, 200))
, что дает следующее изображение.
![Original graph](https://i.stack.imgur.com/6kJsh.png)
После изменения размеров меток ребер
g.es[0]["label_size"] = 2
g.es[2]["label_size"] = 24
layout = g.layout("fr")
igraph.plot(g, "graph_scaled.png", layout = layout, bbox=(200, 200))
это становится:
![enter image description here](https://i.stack.imgur.com/Tchcr.png)
, где один край почти исчез.