извлечение p-значений из списка попарно - PullRequest
Новая
       78

извлечение p-значений из списка попарно

0 голосов
/ 23 апреля 2020

Я запустил модель отрицательной биномиальной регрессии смешанной модели для 44 переменных ответа и сохранил их в списке. 

Negbinomialresults50_int<- apply(Genusotu_wt_metadata[,2:45],2, function(x) 
  NBZIMM::glmm.nb(fixed = x ~ Time*Diet+ offset(log(total.Reads)), 
                  random = ~1|Mouse_ID, data = Genusotu_wt_metadata))

Я хотел выполнить предельные средние значения для каждой переменной ответа 

emeans2_orig<-lapply(Negbinomialresults50_int,function(x) emmeans(x,pairwise~Time|Diet))

Я извлек таблицу контрастности из списка для каждой переменной ответа, включая контраст, оценку, SE, DF, t. соотношение. p-значение). 

emeans_output  <- sapply(emeans2_orig, function(x){c(x$contrasts[1:9])})

Хотя это работало хорошо, я столкнулся с проблемой, которую не могу объяснить. Значения p, когда я печатаю таблицу из списка, не совпадают с теми, которые я извлек. Каждое другое значение из таблицы идентично, включая t.ratio, есть какой-то p-adj, который я пропускаю или я допустил ошибку в своем коде?

вывод из print в консоль 

 contrast       estimate    SE df t.ratio p.value
 Day_0 - Day_14  -0.1908 0.322 48 -0.593  0.8246 
 Day_0 - Day_7   -0.0504 0.322 48 -0.157  0.9866 
 Day_14 - Day_7   0.1404 0.322 48  0.436  0.9006 

Diet = FFLC:
 contrast       estimate    SE df t.ratio p.value
 Day_0 - Day_14   0.8262 0.322 48  2.566  0.0353 
 Day_0 - Day_7    0.9256 0.322 48  2.874  0.0163 
 Day_14 - Day_7   0.0994 0.322 48  0.309  0.9489 

Diet = HF:
 contrast       estimate    SE df t.ratio p.value
 Day_0 - Day_14   0.9175 0.322 48  2.849  0.0174 
 Day_0 - Day_7    0.8669 0.322 48  2.692  0.0259 
 Day_14 - Day_7  -0.0506 0.322 48 -0.157  0.9865

p-значение, извлеченное из списка 

Day_0 - Day_14  0.999570068
Day_0 - Day_7   0.999999986
Day_14 - Day_7  0.999957127
Day_0 - Day_14  0.22805909
Day_0 - Day_7   0.121019431
Day_14 - Day_7  0.999997047
Day_0 - Day_14  0.127782803
Day_0 - Day_7   0.177925556
Day_14 - Day_7  0.999999986

Буду признателен за любые идеи.

...