Будет ли GUI запущен или нет, зависит от того, как вы настроили OMNeT ++. При настройке Tkenv или Qtenv запускается GUI, а при настройке Cmdenv - нет. Если вы хотите запустить пакетные прогоны моделирования для анализа параметров, то это возможно только из версии командной строки.
Вы можете перенастроить OMNeT ++, установив параметры WITH_TKENV и WITH_QTENV в файле configure.user для no и выполнения ./configure, за которым следуют make cleanall и make.
При использовании командной строки выбрать сценарий для запуска можно, перейдя в каталог сборки (возможно, build /), выполнив ccmake . и установив параметр RUN_FLAGS в -c <config_name> ( например - c My_First_Config).