Путь наименьшего сопротивления будет состоять в том, чтобы SCons запускала autoconf, phpize и все остальное, что необходимо для расширения PHP. Вы можете извлечь конфигурацию компилятора оттуда и позволить SCons выполнять фактическое построение, или вы можете просто запустить SCons "make".
Объявлять цели команд оболочки из SCons легко, но получить правильные зависимости всегда сложно.
По сути, вам придется сообщить SCons о любом промежуточном файле, созданном этими внешними инструментами. Таким образом, он может не только правильно очистить их, но и кэшировать всю серию шагов на основе сигнатуры содержимого каждого промежуточного результата (контрольная сумма MD5).
Правильное кэширование значительно сократит количество случаев, когда эти внешние инструменты действительно нужно будет вызывать при изменении базы кода.
Хотя я не думаю, что кто-то написал конкретное решение для PHP, в SCons wiki есть много пользовательских сборщиков, которые делают подобные вещи.