Вы можете просто добавить оператор if.
let sec = 0;
function pad(val) {
return val > 9 ? val : "0" + val;
}
setInterval(function() {
if (sec < 25000) {
$("#seconds").html(pad(++sec % 25000));
}
}, 1);
и если вы хотите очистить интервал, чтобы он прекратил работать все вместе
const countUp = setInterval(function() {
if (sec < 25000) {
$("#seconds").html(pad(++sec % 25000));
} else {
clearInterval(countUp);
}
}, 1);