Тесные связи с Юлией из-под R

Question

В моем коде R я использую пакет MixedModels Julia. Я интегрирую Julia в R, используя пакет JuliaCall. Я работаю с очень большими наборами данных (~1 GB, ~4x10^6 наблюдения) и на этапе моделирования (mixed models) выделяется много оперативной памяти (~80 GB), большая часть которой не возвращается в систему после завершения расчетов. Как закрыть соединения с Julia из-под R (или, возможно, закрыть Julia) после получения результатов моделирования в среде R? В то же время сеанс R не должен прерываться , поскольку после расчета смешанных моделей другие функции должны выполняться в конвейере. Возможно, это действие поможет освободить определенное количество памяти для системы (Платформа: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)).

Answer 1

Если вы вызвали код Джулии из R как функцию, вы можете вернуть набор параметров, которые вы рассчитали, в R без данных. Если это так, то до возвращения из Джулии вы можете установить все ссылки на данные и другие большие переменные, ссылающиеся на память, равными 0, а затем собрать мусор, например. если

a = rand(1000, 1000, 100)
a = 0  # destroy reference since Julia reference counts

, тогда вызовите сборщик мусора вручную:

GC.gc()

Это предполагает, что вам больше не нужны внутренние данные, на которые ссылаются переменные Julia, что вероятно, если все Вы хотели, чтобы были параметры модели.