Вы можете использовать уменьшение размерности (PCA, t-SNE или UMAP) + оттенок цвета для проверки ваших данных. Я рекомендую использовать bokeh для интерактивного просмотра ваших данных, хотя здесь я покажу вам с seaborn.
import numpy as np
import seaborn as sns
import umap
from sklearn.datasets import load_digits
digits = load_digits()
embedding = umap.UMAP().fit_transform(digits.data) # 2D embedding
sns.scatterplot(x=embedding[:,0], y=embedding[:,1], hue=digits.target)