определение процента охвата чтений относительно эталонного генома - PullRequest
Новая
       42

определение процента охвата чтений относительно эталонного генома

0 голосов
/ 24 апреля 2020

Здравствуйте, Biostar. Надеюсь, у вас все хорошо, я сопоставил свои показания с эталонным геномом, чтобы получить представление о покрытии, я хочу знать процент охвата, но я не знаю, как его получить. информация, использующая различные инструменты, которые я знаю, в qualimap, я только что нашел данные о среднем и стандартном охвате также такие строки 

 T

     There is a 99.59% of reference with a coverageData >= 1X
     There is a 99.56% of reference with a coverageData >= 2X
     There is a 99.53% of reference with a coverageData >= 3X
     There is a 99.49% of reference with a coverageData >= 4X
     There is a 99.45% of reference with a coverageData >= 5X
     There is a 99.42% of reference with a coverageData >= 6X
     There is a 99.39% of reference with a coverageData >= 7X
     There is a 99.37% of reference with a coverageData >= 8X
     There is a 99.34% of reference with a coverageData >= 9X
     There is a 99.31% of reference with a coverageData >= 10X
     There is a 99.3% of reference with a coverageData >= 11X
     There is a 99.27% of reference with a coverageData >= 12X

..

я не знаю Не знаю, возможно ли получить процент покрытия с использованием этой информации и как. Также я использовал статистику bamtools и получил эту информацию 

Total reads:       6158542
Mapped reads:      5749217  (93.3535%)
Forward strand:    3286294  (53.3616%)
Reverse strand:    2872248  (46.6384%)
Failed QC:         0    (0%)
Duplicates:        0    (0%)
Paired-end reads:  6158542  (100%)
'Proper-pairs':    4667096  (75.7825%)
Both pairs mapped: 5730384  (93.0477%)
Read 1:            3079271
Read 2:            3079271
Singletons:        18833    (0.305803%)

и то же самое, что не получил процент покрытия и то же самое с samtools flagstat 

6158542 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)
0 + 0 secondary
0 + 0 supplementary
0 + 0 duplicates
5749217 + 0 mapped (93.35% : N/A)
6158542 + 0 paired in sequencing
3079271 + 0 read1
3079271 + 0 read2
4667096 + 0 properly paired (75.78% : N/A)
5730384 + 0 with itself and mate mapped
18833 + 0 singletons (0.31% : N/A)
83794 + 0 with mate mapped to a different chr
12721 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=

5)

и samtools idxstatsNZ_ 

ALWU01000001.1  581415  2031429 6451
NZ_ALWU01000002.1   43553   76489   678
NZ_ALWU01000003.1   29286   117672  342
NZ_ALWU01000004.1   37537   144448  440
NZ_ALWU01000005.1   217837  789901  2467
NZ_ALWU01000006.1   38235   103338  325
NZ_ALWU01000007.1   9944    45471   292
NZ_ALWU01000008.1   178611  651422  2190
NZ_ALWU01000009.1   17047   6352    42
NZ_ALWU01000010.1   510276  1782695 5606
*   0   0   390492

подскажите, пожалуйста, как получить процент от покрытие? Большое спасибо

...