Предыдущие клипы отбрасываются, потому что они ничего не используются в видео конвейере. Я забыл большую часть AviSynth, которую я знал, поэтому вот обходной путь, который может быть не лучшим:
StackVertical(\
imagewriter(clip,"D:\images\test1\",start=1,end=1,type="jpg").crop(0,0, 16,16),\
imagewriter(clip,"D:\images\test1\",start=2,end=2,type="jpg").crop(0,0, 16,16),\
imagewriter(clip,"D:\images\test1\",start=4,end=4,type="jpg").crop(0,0, 16,16))