Как можно удалить листы c с помощью ete3 - PullRequest
Новая
       37

Как можно удалить листы c с помощью ete3

0 голосов
/ 17 февраля 2020

У меня есть список объектов: 

Data:

0         RS_GCF_001999625.1
1         RS_GCF_001658645.1
2         RS_GCF_900117665.1
3         RS_GCF_000652055.1
4         RS_GCF_003037025.1
5         RS_GCF_002138225.1
6         RS_GCF_001186785.1
7         RS_GCF_001671475.1
8         RS_GCF_000153745.1
9         RS_GCF_002814015.1
10        GB_GCA_900471825.1
...

И у меня также есть дерево phylogeneti c (древовидная структура данных), которое хранится так: 

((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((GB_GCA_900317315.1:0.04615,GB_GCA_900316815.1:0.04778)100.0:0.02419,GB_GCA_900317595.1:0.06625)33.0:0.0103,((GB_GCA_900316435.1:0.00693,GB_GCA_900318905.1:0.01341)96.0:0.00933,GB_GCA_900315195.1:0.01321)100.0:0.03115)26.0:0.01004,GB_GCA_900317875.1:0.045)100.0:0.04319,((GB_GCA_900315085.1:0.0231,GB_GCA_900318495.1:0.03029)100.0:0.01288,GB_GCA_003520555.1:0.03868)100.0:0.03609)70.0:0.01129,(((RS_GCF_900100595.1:0.03254,GB_GCA_900320415.1:0.04749)100.0:0.02208,GB_GCA_900316555.1:0.04989)100.0:0.03981,GB_GCA_900319655.1:0.10366)88.0:0.01387)100.0:0.02225,GB_GCA_900315605.1:0.07632)100.0:0.02364,RS_GCF_900101355.1:0.07185)86.0:0.01434,(((RS_GCF_002834235.1:0.00897,RS_GCF_002834225.1:0.00767)100.0:0.05389,GB_GCA_002493005.1:0.06092)100.0:0.02495,(GB_GCA_002491825.1:0.02107,GB_GCA_003521625.1:0.00495)100.0:0.03844)45.0:0.01157)46.0:0.01147,GB_GCA_002493635.1:0.0779)95.0:0.02318,GB_GCA_003526955.1:0.09126)100.0:0.0663,((GB_GCA_900315785.1:0.03418,GB_GCA_900316385.1:0.04382)100.0:0.05347,GB_GCA_002350765.1:0.07654)100.0:0.08554)100.0:0.03171,GB_GCA_900314705.1:0.18199)88.0:0.02358,(((((((GB_GCA_002394725.1:0.01259,GB_GCA_003499325.1:0.01449)45.0:0.00402,GB_GCA_900314795.1:0.01139)92.0:0.00728,GB_GCA_900320995.1:0.01735)100.0:0.02748,GB_GCA_900313865.1:0.06193)98.0:0.01767,GB_GCA_900319615.1:0.05467)100.0:0.0367,(GB_GCA_900313895.1:0.05183,GB_GCA_900315815.1:0.04148)100.0:0.0325)100.0:0.07701,GB_GCA_002353935.1:0.14242)100.0:0.08383)'100.0:g__Ruminococcus_E':0.05063,RS_GCF_002160515.1:0.16245)100.0:0.03238,(((GB_GCA_900313125.1:0.05466,GB_GCA_900317025.1:0.04564)95.0:0.01875,GB_GCA_900317815.1:0.07418)100.0:0.07807,((GB_GCA_900315255.1:0.0423,GB_GCA_900315715.1:0.04172)100.0:0.05538,GB_GCA_900320535.1:0.10753)100.0:0.03534)'100.0:g__RUG592':0.14947)94.0:0.02308,((((GB_GCA_900316615.1:0.02438,GB_GCA_900316025.1:0.01638)100.0:0.09448,GB_GCA_000435335.1:0.07944)'100.0:g__CAG-964':0.09347,GB_GCA_002391625.1:0.11943)88.0:0.04386,GB_GCA_002493755.1:0.19241)98.0:0.03042)99.0:0.03425,...

Это дерево огромно, и я хочу уменьшить его. Я хочу сохранить в этом дереве все листья, которые есть в моем списке данных, и удалить остальные.

Я не знаком с работой с ete3, кто-нибудь может направить меня в правильном направлении?

1 Ответ

1 голос
/ 21 февраля 2020

Кажется, вам нужно удалить целевое дерево. Проверьте пример 25 из нижеприведенного примера https://www.programcreek.com/python/example/93895/ete3.Tree

Ziqi

...