Журнал начальной загрузки log4j настроен довольно странно, начиная с log4j.properties внутри bin/run.jar. Вам необходимо переопределить эту конфигурацию своей собственной.
См. на этой странице для описания того, как это работает, но по сути вы можете предоставить свою собственную конфигурацию загрузочного log4j, используя системное свойство, например,
run.bat -Dlog4j.configuration=file:./log4j.properties
После завершения начальной загрузки JBoss переключится на конфигурацию conf/jboss-log4j.xml, как и раньше.