Вы можете использовать функцию cell_spe c () в библиотеке kableExtra, а также функцию mutate () в пакете Dplyr.
Это будет выглядеть примерно так:
table <- df %>%
mutate(Column = cell_spec(Column, "html", background_as_tile = T, background = factor(Column, colours))) %>%
kable()...