Ну, вы сказали автору добавить вместо замены через второй аргумент конструктора FileWriter
:
BufferedWriter writer = new BufferedWriter( new FileWriter("file.txt", true));
Если вы хотите заменить файл, вы должны установить append
в false:
BufferedWriter writer = new BufferedWriter( new FileWriter("file.txt", false));
Однако это заменяет весь файл , а не только первую строку.