Как построить в лог-лине временной ряд в R? - PullRequest
Новая
       27

Как построить в лог-лине временной ряд в R?

0 голосов
/ 14 марта 2020

Вот базовый код, слава этот ответ : 

require(RCurl)
require(foreign)
x = getURL("https://raw.githubusercontent.com/CSSEGISandData/COVID-19/master/csse_covid_19_data/csse_covid_19_time_series/time_series_19-covid-Confirmed.csv")
corona = read.csv(text = x, sep =",",header = T)
Italy <- corona[corona$Country.Region=='Italy',][1,5:ncol(corona)]
library(xts)
plot(xts(unlist(Italy), 
         order.by = as.Date(sub("X", "", names(Italy)),"%m.%d.%y")),
         ylim=c(0,20000), main="Number Cov-19 Italy")

Естественно, я хотел бы, чтобы значения на оси y были числом случаев, как в здесь , но вместо этого я получаю реальную базу журналов 2, если запускаю что-то вроде: 

LogItaly <- log2(Italy[,30:ncol(Italy)])
plot(xts(unlist(LogItaly), 
         order.by = as.Date(sub("X", "", names(LogItaly)),"%m.%d.%y")),
     main=expression(paste(2^y, " - Doubling of no. cases Cov-19 ITL")), 
     ylim=c(0,16))

1 Ответ

1 голос
/ 15 марта 2020

Вы можете использовать ggplot2 для получения аналогичной фигуры с осями Y, преобразованными, как вы ожидали. 

require(ggplot2)
ts_data=xts(unlist(Italy),order.by = as.Date(sub("X", "", names(Italy)),"%m.%d.%y"))
base_breaks<-function(n=10){
    function(x){
        axisTicks(log10(range(x,na.rm=TRUE)),log=TRUE,n=n)
    }
}
ts_dataframe=data.frame(time=index(ts_data),cases=coredata(ts_data))
p<-ggplot(data=ts_dataframe[30:dim(ts_dataframe)[1],],aes(time,cases))+
      geom_line()+
      scale_y_continuous(trans='log2',breaks=base_breaks())+
      scale_x_date(date_breaks="3 days",date_minor_breaks="1 days")+
      xlab("time")+
      ylab("cases")+
      labs(title="Number Cov-19 Italy")+
      theme_bw()

Дополнительную информацию о преобразовании xts в фрейм данных вы можете посмотреть здесь здесь .

...