Недавно у меня появился новый ноутбук lenovo ideapad, и я dual-booting Windows 10 and Ubuntu 18.04. Я все еще работаю над тем, чтобы настроить все на моей новой машине. Я планирую использовать терминал , r и rstudio для bioinformatics работы.
Так что моя проблема в том, что когда Я использую R, я не могу установить какие-либо пакеты без ожидания более 3-4 часов. Я запустил
``` install.packages("dplyr")```
, и я увидел блоки вывода, как это показано.
g++ -std=gnu++11 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I../inst/include -DRCPP_DEFAULT_INCLUDE_CALL=false -DCOMPILING_DPLYR -DRCPP_USING_UTF8_ERROR_STRING -DRCPP_USE_UNWIND_PROTECT -DBOOST_NO_AUTO_PTR -I"/home/dakarai19/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/BH/include" -I"/home/dakarai19/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/plogr/include" -I"/home/dakarai19/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-V28x5H/r-base-3.6.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g++ -std=gnu++11 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I../inst/include -DRCPP_DEFAULT_INCLUDE_CALL=false -DCOMPILING_DPLYR -DRCPP_USING_UTF8_ERROR_STRING -DRCPP_USE_UNWIND_PROTECT -DBOOST_NO_AUTO_PTR -I"/home/dakarai19/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/BH/include" -I"/home/dakarai19/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/plogr/include" -I"/home/dakarai19/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-V28x5H/r-base-3.6.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c address.cpp -o address.o
g++ -std=gnu++11 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I../inst/include -DRCPP_DEFAULT_INCLUDE_CALL=false -DCOMPILING_DPLYR -DRCPP_USING_UTF8_ERROR_STRING -DRCPP_USE_UNWIND_PROTECT -DBOOST_NO_AUTO_PTR -I"/home/dakarai19/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/BH/include" -I"/home/dakarai19/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/plogr/include" -I"/home/dakarai19/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-V28x5H/r-base-3.6.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c api.cpp -o api.o
g++ -std=gnu++11 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I../inst/include -DRCPP_DEFAULT_INCLUDE_CALL=false -DCOMPILING_DPLYR -DRCPP_USING_UTF8_ERROR_STRING -DRCPP_USE_UNWIND_PROTECT -DBOOST_NO_AUTO_PTR -I"/home/dakarai19/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/BH/include" -I"/home/dakarai19/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/plogr/include" -I"/home/dakarai19/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/Rcpp/include" -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-V28x5H/r-base-3.6.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c arrange.cpp -o arrange.o
Когда я ищу их, я вижу, что они для компиляции? Но у меня никогда не было подобных проблем на моем предыдущем ноутбуке с Windows 10, и установка пакета заняла 3 минуты, самое большое. Есть ли что-то, что я могу сделать, чтобы это исправить?
Кроме того, я нашел ответ, который говорит, что делать с binary installation. Я обычно использую bioconductor для управления и установки пакетов, так что это может быть очень сложным для меня. У меня та же проблема, когда я пытаюсь установить, используя BiocManager.
x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) Running under: Ubuntu 18.04.4 LTS
Matrix products: default BLAS:
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1 LAPACK:
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1
locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
LC_TIME=en_US.UTF-8 [4] LC_COLLATE=en_US.UTF-8
LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 [7]
LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
[10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8
LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils
datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached): [1] BiocManager_1.30.10
compiler_3.6.3 tools_3.6.3```
Пожалуйста, помогите запутанному биологу. Спасибо!