Если для узла нет имени, идентификатор узла (номер) используется для обозначения графика. Чтобы сохранить метку, установите имя узлов на их идентификаторы, прежде чем удалять узлы. Вот небольшой пример.
library(igraph)
set.seed(1234)
g = erdos.renyi.game(10, 0.35)
plot(g)
for(i in 1:vcount(g)) {
V(g)[i]$name = i }
g2 = delete_vertices(g, c(3,8))
plot(g2)
Обратите внимание, что старые метки сохраняются.