У меня не было проблемы, с которой вы сталкиваетесь, однако я могу предложить возможную причину для этого.
Java 9+ представляет строки с использованием UTF-8, а не UTF-16 (я думаю), который был использованный ранее. Это означает, что символы будут иметь разное количество байтов в своем представлении. Я бы предложил переустановить пакеты, которые показывают проблему, эти (если они основаны на java) предположительно были собраны с более новым java, и новая установка, надеюсь, не будет отображать эту проблему.