Является ли этот код для гауссовой модели смеси правильным? - PullRequest
Новая
       32

Является ли этот код для гауссовой модели смеси правильным?

0 голосов
/ 07 апреля 2020

Я учу GMM делать цветовую сегментацию. В Интернете я нашел хороший ресурс со следующим кодом GMM: 

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import style
style.use('fivethirtyeight')
import numpy as np
from scipy.stats import norm
np.random.seed(0)

X = np.linspace(-5, 5, num=20)
X0 = X * np.random.rand(len(X)) + 15  # Create data cluster 1
X1 = X * np.random.rand(len(X)) - 15  # Create data cluster 2
X2 = X * np.random.rand(len(X))  # Create data cluster 3
X_tot = np.stack((X0, X1, X2)).flatten()  # Combine the clusters to get the random datapoints from above

class GM1D:

    def __init__(self, X, iterations):
        self.iterations = iterations
        self.X = X
        self.mu = None
        self.pi = None
        self.var = None

    def run(self):

        self.mu = [-8, 8, 5]
        self.pi = [1 / 3, 1 / 3, 1 / 3]
        self.var = [5, 3, 1]

        for iter in range(self.iterations):

            r = np.zeros((len(X_tot), 3))

            for c, g, p in zip(range(3), [norm(loc=self.mu[0], scale=self.var[0]),
                                          norm(loc=self.mu[1], scale=self.var[1]),
                                          norm(loc=self.mu[2], scale=self.var[2])], self.pi):
                r[:, c] = p * g.pdf(X_tot)  # Write the probability that x belongs to gaussian c in column c.
            for i in range(len(r)):
                r[i] = r[i] / (np.sum(self.pi) * np.sum(r, axis=1)[i])

            fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
            ax0 = fig.add_subplot(111)

            for i in range(len(r)):
                ax0.scatter(self.X[i], 0, c=np.array([r[i][0], r[i][1], r[i][2]]), s=100)

            for g, c in zip([norm(loc=self.mu[0], scale=self.var[0]).pdf(np.linspace(-20, 20, num=60)),
                             norm(loc=self.mu[1], scale=self.var[1]).pdf(np.linspace(-20, 20, num=60)),
                             norm(loc=self.mu[2], scale=self.var[2]).pdf(np.linspace(-20, 20, num=60))], ['r', 'g', 'b']):
                ax0.plot(np.linspace(-20, 20, num=60), g, c=c)

            m_c = []
            for c in range(len(r[0])):
                m = np.sum(r[:, c])
                m_c.append(m)  # For each cluster c, calculate the m_c and add it to the list m_c

            for k in range(len(m_c)):
                self.pi[k] = (m_c[k] / np.sum(m_c))  # For each cluster c, calculate the fraction of points pi_c which belongs to cluster c

            self.mu = np.sum(self.X.reshape(len(self.X), 1) * r, axis=0) / m_c
            var_c = []

            for c in range(len(r[0])):
                var_c.append((1 / m_c[c]) * np.dot(((np.array(r[:, c]).reshape(60, 1)) * (self.X.reshape(len(self.X), 1) - self.mu[c])).T, (self.X.reshape(len(self.X), 1) - self.mu[c])))

            plt.show()
GM1D = GM1D(X_tot, 10)
GM1D.run()

Теперь я понимаю, что на шаге Maximation EM мы должны обновить параметры гаусса (ковариационная матрица, среднее значение и размер гауссиана ( pi_ c)) В приведенном выше коде я вижу обновления значений pi_ c и mean (mu), но я не думаю, что значение ковариационной матрицы обновляется. Тем не менее, когда я запускаю код, кажется, работает (?). Может кто-нибудь, пожалуйста, помогите мне определить, правильный ли код или нет. Код из ресурса

...