Вы можете написать небольшое консольное приложение (или скрипт), которое просматривает все файлы в вашем проекте и удаляет те, которые содержат только прокомментированные SQL-операторы.
Однако следует учитывать одну вещь: если вы переименуете объект, вы можете сообщить своей системе контроля версий, что вы переименовали объект, т.е. вы не просто удалите старый файл. Таким образом, вы сохраните историю объекта (я думаю, что с Git это не будет проблемой, но для других).
Обычно я очень часто извлекаю изменения из базы данных в свой проект, и поэтому у меня есть только несколько файлов, которые меняются. Таким образом, нетрудно вручную удалить устаревшие файлы или заставить мою систему контроля версий считать, что я переименовал файл.