Я заинтригован тем, какие IDE, которые вы используете, автоматически компилируют все в каталоге, поскольку ни одна IDE, которую я когда-либо использовал, не делает этого (по крайней мере, для C ++). Я думаю, что довольно стандартно иметь файл проекта, содержащий список всех файлов. Часто вы можете захотеть включать только определенные файлы для разных целей, иметь настройки компилятора для каждого файла и т. Д.
В любом случае, учитывая то, как это работает , у вас действительно не должно быть слишком много проблем из-за конфликтов слияния. Лучший совет - делать это рано и часто, чтобы не отставать от изменений других людей. Простое добавление файлов в проект не должно приводить к конфликту, если только они не будут добавлены в одной и той же точке дерева проекта. Мы использовали Xcode в нашей команде в течение многих лет, и мы очень редко получаем конфликты: только если кто-то реструктурировал проект.
К счастью, поскольку формат файла XCode является текстовым, конфликты, как правило, довольно легко разрешать, когда они возникают, в отличие от «плохих старых дней» Codewarrior с его двоичным форматом.