gap.plot: как установить промежутки по осям X и Y - PullRequest
0 голосов
/ 28 апреля 2020

У меня есть кадр данных 12x3, как показано ниже

> df
SetID count.x count.y
A      4512    28427
B      7655    42929
C      11501   741209
D      24613   927018
E      25517   196870
F      48227   2216124
G      52217   1047443
H      60764   693454
I      112478  1294972
J      129961  1963020
K      162587  2756878
L      920877  11397770

Это сработало, когда я использовал следующую команду для установки разрыва по оси x

gap.plot(df$count.x,df$count.y,xlab="operation-1",ylab="operation-2",
col=df$SetID,gap.axis = "x",gap = c(1.8e+05,2e+05),
xtics =c(5e+04,1e+05,1.5e+05,2e+05,3e+05,4e+05,5e+05,6e+05,7e+05,8e+05,9e+05,1e+06))

Мой вопрос:

  • Как установить зазоры по осям x и y одновременно? Можно ли добавить команду, например
gap.axis = "y",gap = c(2.8e+06,3e+06),
ytics = c(5e+05,1e+06,1.5e+06,2e+06,2.5e+06,3e+06)

, следуя приведенному выше блоку кода для достижения этой цели?

  • График, сгенерированный из приведенной выше команды, выглядит уродливо для я (сюжет вставлен ниже), я знаю, что могу использовать axis.break() позже, чтобы устранить разрывы, но как улучшить следующие презентации:

    • col=df$SetID представил различные точки с очень похожий цвет, возьмите, например, график ниже, вы можете увидеть две похожие на цвет зеленые / черные точки. Я решил эту проблему, вручную сгенерировав цветовой вектор (e.g. color <- c("red","green","blue")), а затем использовал col=color, чтобы отличить каждую точку друг от друга с очевидным разным цветом. Этот способ работает для небольшого количества точек, но как справиться с большим количеством точек?

    • Смешанные форматы xtics очевидны, то есть некоторые являются числами, в то время как другие являются научными c понятия. Как я могу быть в состоянии представить все xtics единообразно в качестве научных c понятий?

    • Вы также можете заметить, что xtics "1e + 05,2e + 05 и 1e + 06" все пропущены, почему и как их визуализировать?

  • Наконец, вдохновленный ранним постом , я пытался добавить легенду за пределы заговор, используя следующую команду, пока он не изобразил то, что я ожидал увидеть. Я не знаю, как найти подходящие параметры для inset (), чтобы соответствовать.

legend("topright",title="SetID",inset = c(-0.1,0),legend=genes,col=color,pch=1,cex=0.6)

Спасибо за терпение, чтобы прочитать все мои вопросы, любая помощь будет принята с благодарностью ! enter image description here

...