Очень трудно догадаться, что ты пытаешься сделать. Вот попытка. Предполагается, что все x-массивы равны. И это действительно имеет смысл (хотя это трудно, если файлы читаются в неуказанном порядке). Чтобы получить полезный график, данные из всех файлов должны быть собраны перед началом построения.
import glob
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
files = glob.glob('........')
zs = []
for file in files:
x, z = np.loadtxt(file, skiprows=3, unpack=True, usecols=[0, 1])
zs.append(z)
# without creating a new x, the x from the last file will be used
# x = np.linspace(0, 15, 10)
y = np.linspace(-100, 1000, len(zs))
zs = np.array(zs)
fig, axs = plt.subplots(ncols=2)
axs[0].scatter(np.tile(x, y.size), np.repeat(y, x.size), c=zs)
axs[1].contour(x, y, zs)
plt.show()
При моделируемых случайных данных график рассеяния и контурный график будут выглядеть следующим образом: