Я создал следующее environment.yml, и оно сработало для меня:
name: tensorflow
channels:
- anaconda
- conda-forge
dependencies:
- python=3.7
- tensorflow>=2.1.0
- pydicom>=1.4.0
- notebook
- jupyter_console
Вы можете добавлять другие зависимости по мере необходимости.
Вы можете создать среду из этого environment.yml, запустив:
$ conda env create
в том же каталоге, что и environment.yml, или укажите его путь с флагом -f. По умолчанию имя среды также будет взято из environment.yml.
Затем активируйте среду:
$ conda activate tensorflow
Я установил jupyter_console, что похоже на эквивалент командной строки Jupyter Notebook. Все, что работает в консоли, должно работать в ноутбуке одинаково, поскольку в обоих случаях оно подключается к одному базовому ядру Python:
$ jupyter console # runs the python kernel by default
Jupyter console 6.1.0
Python 3.7.6 (default, Jan 8 2020, 19:59:22)
Type 'copyright', 'credits' or 'license' for more information
IPython 7.12.0 -- An enhanced Interactive Python. Type '?' for help.
In [1]: import tensorflow
In [2]: tensorflow.__version__
Out[2]: '2.1.0'
In [3]: import pydicom
In [4]: pydicom.__version__
Out[4]: '1.4.1'
Обновление: Просто чтобы быть уверенным Я обновил свой environment.yml, чтобы добавить другие пакеты, упомянутые в вашем вопросе:
name: tensorflow
channels:
- anaconda
- conda-forge
- simpleitk
dependencies:
- python=3.7
- tensorflow>=2.1.0
- pydicom>=1.4.0
- notebook
- jupyter_console
- pydot
- nibabel
- pytables
- simpleitk
- nipype
- pandas
Затем запустил conda env update, чтобы обновить выбранные пакеты в среде. Подтвердили те же результаты в отношении tensorflow и pydicom:
$ jupyter console
Jupyter console 6.1.0
Python 3.7.6 (default, Jan 8 2020, 19:59:22)
Type 'copyright', 'credits' or 'license' for more information
IPython 7.12.0 -- An enhanced Interactive Python. Type '?' for help.
In [1]: import tensorflow
In [2]: tensorflow.__version__
Out[2]: '2.1.0'
In [3]: import pydicom
In [4]: pydicom.__version__
Out[4]: '1.4.1'
Для чего оно стоит, вот полная среда после установки environment.yml:
$ conda list
# packages in environment at /path/to/conda/envs/tensorflow:
#
# Name Version Build Channel
_tflow_select 2.3.0 mkl anaconda
absl-py 0.9.0 py37_0 anaconda
asn1crypto 1.3.0 py37_0 anaconda
astor 0.8.0 py37_0 anaconda
attrs 19.3.0 py_0 anaconda
backcall 0.1.0 py37_0 anaconda
blas 1.0 mkl anaconda
bleach 3.1.0 py37_0 anaconda
blinker 1.4 py37_0 anaconda
blosc 1.17.1 he1b5a44_0 conda-forge
bzip2 1.0.8 h7b6447c_0 anaconda
c-ares 1.15.0 h7b6447c_1001 anaconda
ca-certificates 2020.1.1 0 anaconda
cachetools 3.1.1 py_0 anaconda
cairo 1.14.12 h8948797_3 anaconda
certifi 2019.11.28 py37_0 anaconda
cffi 1.14.0 py37h2e261b9_0 anaconda
chardet 3.0.4 py37_1003 anaconda
click 7.0 py37_0 anaconda
cryptography 2.8 py37h1ba5d50_0 anaconda
cycler 0.10.0 py37_0 anaconda
dbus 1.13.12 h746ee38_0 anaconda
decorator 4.4.1 py_0 anaconda
defusedxml 0.6.0 py_0 anaconda
entrypoints 0.3 py37_0 anaconda
etelemetry 0.1.2 py_1 conda-forge
expat 2.2.6 he6710b0_0 anaconda
filelock 3.0.12 py_0 anaconda
fontconfig 2.13.0 h9420a91_0 anaconda
freetype 2.9.1 h8a8886c_1 anaconda
fribidi 1.0.5 h7b6447c_0 anaconda
gast 0.2.2 py37_0 anaconda
glib 2.56.2 hd408876_0 anaconda
gmp 6.1.2 hb3b607b_0 anaconda
google-auth 1.11.2 py_0 anaconda
google-auth-oauthlib 0.4.1 py_2 anaconda
google-pasta 0.1.8 py_0 anaconda
graphite2 1.3.13 h23475e2_0 anaconda
graphviz 2.40.1 h21bd128_2 anaconda
grpcio 1.27.2 py37hf8bcb03_0 anaconda
gst-plugins-base 1.14.0 hbbd80ab_1 anaconda
gstreamer 1.14.0 hb453b48_1 anaconda
h5py 2.10.0 py37h7918eee_0 anaconda
harfbuzz 1.8.8 hffaf4a1_0 anaconda
hdf5 1.10.4 hb1b8bf9_0 anaconda
html5lib 1.0.1 py37_0 anaconda
icu 58.2 h211956c_0 anaconda
idna 2.8 py37_0 anaconda
importlib_metadata 1.5.0 py37_0 anaconda
intel-openmp 2020.0 166 anaconda
ipykernel 5.1.4 py37h39e3cac_0 anaconda
ipython 7.12.0 py37h5ca1d4c_0 anaconda
ipython_genutils 0.2.0 py37_0 anaconda
isodate 0.6.0 py_1 anaconda
jedi 0.16.0 py37_0 anaconda
jinja2 2.11.1 py_0 anaconda
jpeg 9b habf39ab_1 anaconda
jsonschema 3.2.0 py37_0 anaconda
jupyter_client 5.3.4 py37_0 anaconda
jupyter_console 6.1.0 py_0 anaconda
jupyter_core 4.6.1 py37_0 anaconda
keepalive 0.5 py_1 conda-forge
keras-applications 1.0.8 py_0 anaconda
keras-preprocessing 1.1.0 py_1 anaconda
kiwisolver 1.1.0 py37he6710b0_0 anaconda
ld_impl_linux-64 2.33.1 h53a641e_7 anaconda
libedit 3.1.20181209 hc058e9b_0 anaconda
libffi 3.2.1 h4deb6c0_3 anaconda
libgcc-ng 9.1.0 hdf63c60_0 anaconda
libgfortran-ng 7.3.0 hdf63c60_0 anaconda
libpng 1.6.37 hbc83047_0 anaconda
libprotobuf 3.11.4 hd408876_0 anaconda
libsodium 1.0.16 h1bed415_0 anaconda
libstdcxx-ng 9.1.0 hdf63c60_0 anaconda
libtiff 4.1.0 h2733197_0 anaconda
libuuid 1.0.3 h1bed415_2 anaconda
libxcb 1.13 h1bed415_1 anaconda
libxml2 2.9.9 hea5a465_1 anaconda
libxslt 1.1.33 h7d1a2b0_0 anaconda
lxml 4.5.0 py37hefd8a0e_0 anaconda
lzo 2.10 h1bfc0ba_1 anaconda
markdown 3.1.1 py37_0 anaconda
markupsafe 1.1.1 py37h7b6447c_0 anaconda
matplotlib 3.1.3 py37_0 anaconda
matplotlib-base 3.1.3 py37hef1b27d_0 anaconda
mistune 0.8.4 py37h7b6447c_0 anaconda
mkl 2019.5 281 anaconda
mkl-service 2.3.0 py37he904b0f_0 anaconda
mkl_fft 1.0.15 py37ha843d7b_0 anaconda
mkl_random 1.1.0 py37hd6b4f25_0 anaconda
mock 4.0.1 py_0 anaconda
nbconvert 5.6.1 py37_0 anaconda
nbformat 5.0.4 py_0 anaconda
ncurses 6.1 he6710b0_1 anaconda
networkx 2.4 py_0 anaconda
neurdflib 5.0.1 py_0 conda-forge
nibabel 3.0.1 py_0 conda-forge
nipype 1.4.2 py37_0 conda-forge
notebook 6.0.3 py37_0 anaconda
numexpr 2.7.1 py37h423224d_0 anaconda
numpy 1.18.1 py37h4f9e942_0 anaconda
numpy-base 1.18.1 py37hde5b4d6_1 anaconda
oauthlib 3.1.0 py_0 anaconda
openssl 1.1.1 h7b6447c_0 anaconda
opt_einsum 3.1.0 py_0 anaconda
packaging 20.1 py_0 anaconda
pandas 1.0.1 py37h0573a6f_0 anaconda
pandoc 2.2.3.2 0 anaconda
pandocfilters 1.4.2 py37_1 anaconda
pango 1.42.4 h049681c_0 anaconda
parso 0.6.1 py_0 anaconda
pcre 8.43 he6710b0_0 anaconda
pexpect 4.8.0 py37_0 anaconda
pickleshare 0.7.5 py37_0 anaconda
pip 20.0.2 py37_1 anaconda
pixman 0.38.0 h7b6447c_0 anaconda
prometheus_client 0.7.1 py_0 anaconda
prompt_toolkit 3.0.3 py_0 anaconda
protobuf 3.11.4 py37he6710b0_0 anaconda
prov 1.5.3 py_1 conda-forge
psutil 5.6.7 py37h7b6447c_0 anaconda
ptyprocess 0.6.0 py37_0 anaconda
pyasn1 0.4.8 py_0 anaconda
pyasn1-modules 0.2.7 py_0 anaconda
pycparser 2.19 py37_0 anaconda
pydicom 1.4.1 py_0 conda-forge
pydot 1.4.1 py37_0 anaconda
pydotplus 2.0.2 py37_1 anaconda
pygments 2.5.2 py_0 anaconda
pyjwt 1.7.1 py37_0 anaconda
pyopenssl 19.1.0 py37_0 anaconda
pyparsing 2.4.6 py_0 anaconda
pyqt 5.9.2 py37h22d08a2_1 anaconda
pyrsistent 0.15.7 py37h7b6447c_0 anaconda
pysocks 1.7.1 py37_0 anaconda
pytables 3.6.1 py37h71ec239_0 anaconda
python 3.7.6 h0371630_2 anaconda
python-dateutil 2.8.1 py_0 anaconda
pytz 2019.3 py_0 anaconda
pyzmq 18.1.1 py37he6710b0_0 anaconda
qt 5.9.7 h5867ecd_1 anaconda
rdflib 4.2.2 py37_1000 conda-forge
readline 7.0 h7b6447c_5 anaconda
requests 2.22.0 py37_1 anaconda
requests-oauthlib 1.3.0 py_0 anaconda
rsa 4.0 py_0 anaconda
scipy 1.4.1 py37h0b6359f_0 anaconda
send2trash 1.5.0 py37_0 anaconda
setuptools 45.2.0 py37_0 anaconda
simpleitk 1.2.4 py37hf484d3e_0 simpleitk
simplejson 3.17.0 py37h7b6447c_0 anaconda
sip 4.19.13 py37he6710b0_0 anaconda
six 1.14.0 py37_0 anaconda
sparqlwrapper 1.8.2 py37_1000 conda-forge
sqlite 3.31.1 h7b6447c_0 anaconda
tensorboard 2.1.0 py3_0 anaconda
tensorflow 2.1.0 mkl_py37h80a91df_0 anaconda
tensorflow-base 2.1.0 mkl_py37h6d63fb7_0 anaconda
tensorflow-estimator 2.1.0 pyhd54b08b_0 anaconda
termcolor 1.1.0 py37_1 anaconda
terminado 0.8.3 py37_0 anaconda
testpath 0.4.4 py_0 anaconda
tk 8.6.8 hbc83047_0 anaconda
tornado 6.0.3 py37h7b6447c_3 anaconda
traitlets 4.3.3 py37_0 anaconda
traits 5.2.0 py37h7b6447c_0 anaconda
urllib3 1.25.8 py37_0 anaconda
wcwidth 0.1.8 py_0 anaconda
webencodings 0.5.1 py37_1 anaconda
werkzeug 1.0.0 py_0 anaconda
wheel 0.34.2 py37_0 anaconda
wrapt 1.11.2 py37h7b6447c_0 anaconda
xvfbwrapper 0.2.9 py37_1001 conda-forge
xz 5.2.4 h14c3975_4 anaconda
zeromq 4.3.1 he6710b0_3 anaconda
zipp 2.2.0 py_0 anaconda
zlib 1.2.11 h7b6447c_3 anaconda
zstd 1.3.7 h0b5b093_0 anaconda