Я хочу сопоставить изображение МРТ с контуром (структура RT) - PullRequest
Новая
       35

Я хочу сопоставить изображение МРТ с контуром (структура RT)

0 голосов
/ 30 января 2020

Я использовал pydicom для считывания двухцветных изображений MRI и считывания структуры RT для рисования контура.

Однако значение MRI для ориентации изображения пациента отличается от значения [1,0,0,0,1,0].

Он имеет вид [ 0.99797922, -0.04370818, 0.04612026, 0.05005777, 0.98787289, -0.14697404].

Итак, я вращаю контур, используя следующую функцию. 

def x_rotmat(theta):
    cos_t = np.cos(theta)
    sin_t = np.sin(theta)
    return np.array([[1, 0, 0],
                     [0, cos_t, -sin_t],
                     [0, sin_t, cos_t]])


def y_rotmat(theta):
    cos_t = np.cos(theta)
    sin_t = np.sin(theta)
    return np.array([[cos_t, 0, sin_t],
                     [0, 1, 0],
                     [-sin_t, 0, cos_t]])


def z_rotmat(theta):
    cos_t = np.cos(theta)
    sin_t = np.sin(theta)
    return np.array([[cos_t, -sin_t, 0],
                     [sin_t, cos_t, 0],
                     [0, 0, 1]])


X = x_rotmat(np.arccos(0.99797922))
Y = y_rotmat(np.arccos(0.98787289))

K =scipy.ndimage.affine_transform(label, X,order=0)
K =scipy.ndimage.affine_transform(K, Y,order=0)

Когда я вращаю контур (метка) например, есть некоторые вещи, которые хорошо вписываются в изображение, в то время как другие слегка смещены.

Можете ли вы помочь мне с этой проблемой?

Заранее спасибо.

...