Проблема не в том, что содержимое фрагмента не видимо другому плагину: они есть - просто попробуйте загрузить, например, файл свойств из classpath, он все еще работает, если этот файл свойств предоставляется фрагментом.
Но у вас нет информации о содержимом фрагмента во время компиляции. Это принцип фрагмента: вы не можете зависеть от него. И вы не знаете, есть ли у кого-то фрагменты или нет.
Это также не только проблема, которая есть только у «любого плагина, кроме плагина хоста». Это проблема, которую имеет даже сам хост-плагин. Он не знает о существовании фрагмента во время компиляции.
Вы также не можете надежно использовать фрагмент для переопределения частей классов подключаемого модуля хоста: FAQ Можно ли использовать фрагменты для исправления подключаемого модуля? , если вы этого хотите. На странице также описано, как это можно сделать.
Надеюсь, это поможет.