Вам необходимо включить ваш vbox в контроллер, например:
@FXML
private VBox vbox;
После этого добавьте свою полосу прокрутки для дочерних элементов вашего vbox:
vbox.getChildren().add(scrollPane);
Обратите внимание, что вы не добавили вашу кнопку к содержимому вашей панели прокрутки, чтобы ваша панель прокрутки в настоящее время пуста!
Редактировать: почему вы хотите добавить узлы через f xml и из кода тоже? Используйте это решение, если это действительно необходимо, в любом случае используйте f xml для создания вашего пользовательского интерфейса.