Возможно что-то вроде этого:
#include <iostream>
#include <vector>
#include <Eigen/Dense>
using namespace Eigen;
int main()
{
int a = 320;
int b = 240;
// Create as many as you want, probably better in a loop.
MatrixXd m(a, b);
MatrixXd n(a, b);
MatrixXd o(a, b);
std::vector<MatrixXd> v;
v.push_back(m);
v.push_back(n);
v.push_back(o);
std::cout << v.at(0)(0, 1) << std::endl;
}