Я предполагаю, что ваш фрейм данных:
pd.DataFrame([['p__Actinobacteriota', 25, 555], ['p__Bacteroidota', 31, 752]])
, который печатается как:
0 1 2
0 p__Actinobacteriota 25 555
1 p__Bacteroidota 31 752
stack
легко:
df.rename(columns={1:'A', 2:'B'}).set_index([0]).stack().rename('val').reset_index()
которые дают:
0 level_1 val
0 p__Actinobacteriota A 25
1 p__Actinobacteriota B 555
2 p__Bacteroidota A 31
3 p__Bacteroidota B 752