Вы отключили работу cron, которая ищет файл? Если нет, или если вы снова нажали кнопку на панели инструментов, он перезапишет файл, который вы поместили туда вручную.
В качестве примечания, выпуск 2.16 решает эту проблему, пожалуйста, посмотрите на https://www.mautic.org/blog/community/announcing-mautic-2-16/.
Убедитесь, что вы сделали полную резервную копию (файлы и базу данных) и, где возможно, запустите обновление в командной строке, чтобы избежать тайм-аутов браузера:)